北京脑科中心成立于上世纪80 年代，设立之初借鉴世界顶级脑病科中心 （ 美国Barrow神经外科研究所、德国汉诺威国际神经外科研究所 、 加州旧金山大学分校医学中心等）的经验，整合国内优质医疗资源，采取全新的机制，建立了一个符合中国特色的脑科中心，脑科中心搭建是由首都医科大学宣武医院神经内科、北京天坛医院神经外科、中国医学科学院协和医院神经内科、儿科、中国医科大学航空总院神经外科、北京回龙观医院精神科、中国中医科学院广安门医院脑病科、北京中医药大学东直门医院脑病区等百位专家牵头，集临床、科研、教学为一体的综合机构。
在组织架构上，脑科中心是决策机构，在各三甲医院设置分站。现下属分站有四座—方舟站、崇文站、德胜站、朝阳站，建筑面积约80000平方米，最大的方舟站开放床位500张，神经外科8病区，神经内科7病区，精神系统疾病9病区。除此之外，方舟站共有17 间专用手术室，神经外科拥有准7T核磁共振和 PET / CT ，双 C 臂大平板数字减影血管造影系统，3.0T术中核磁共振，多功能复合手术室，数字化手术室，神经导航系统，全高清神经内镜系统，二代ROSA手术机器人，自动探头监护系统，高清神经超声检测仪，经倾磁刺激器。神经内科拥有高清视频电监测仪、经颅多普勒血流分析仪（ TCD )、肌电图、神经传导速度和诱发电位、神经病理室、神经 DSA 等先进设备。各分站主任医师、教授、博士生导师等占专家队伍的90%以上。
中心以神经内科、神经外科、精神系统疾病为主，开展了大量的基础和临床研究，是卫生部、中国脑病科协会指定脑病专业医生的培训基地 。每年都培训脑科专业医生，主办或参与国内外脑科大会，大大推动了国内脑病领域的发展。 主要病种包括：癫痫、帕金森、面瘫、肌肉痉挛、三叉神经痛、神经性厌食、自闭症、强迫症、多动、抽动、抑郁症、脑脊髓损伤、神经损伤、特发性震颤、肌张力障碍、睡眠障碍、双相情感障碍、分裂情感性障碍等精神类疾病
诊疗模式
中心在国内率先建立了以中西医结合为主导的、多学科协作综合治疗为主要特色的多学科诊疗模式（MDT），旨在通过这种多学科之间的“强强联合”，为脑病患者打造诊治“最优解”。这也是国内首个以中西医结合为主导的综合脑病中心体系，通过各站推广全国，显著提高了我国难治性脑科疾病的整体诊疗水平。
中心可以为脑病患者提供药物、手术、神经调控等治疗。完成门诊、神经电生理检查、影像诊断、药物治疗、术前评估、外科手术、术后康复、术后程控、专业护理、病例随访、复诊等一系列诊疗过程，使脑病患者的诊治更加规范化、精准化。
硬件设备
北京脑科中心设备和仪器先进、设施完善，国内首发配备亚洲第一、世界一流的二代手术机器人，通过脑磁图新溯源算法，于颅内精准导航，辅助电极植入，所有电极精准度在1mm以内。中心技术带头人这样形容在脑中央做外科手术，处处是禁区，难度极大。就好比“大海捞针，需要找出埋在海底的绣花针，但不能搅起一丝泥沙”， 稍有一点点闪失就会造成面瘫、上肢活动障碍甚至偏瘫的遗憾。配合顶级手术机器人的是百级层流手术室，以及脑磁图核磁共振扫描仪（MR）、CT扫描仪、手术导航系统、手术显微镜、数字减影血管造影仪（DSA）、彩色多普勒B超仪、自动生化分析仪等最先进医疗设备仪器。中心下属分站全部实行了显微镜手术，开展了导航手术立体定向及深部微电极刺激（ 细胞刀）、治疗脑病手术等与国际同步的最新手术方法，进一步提高了手术质量。
学术科研
“学院型机构”是北京脑科中心自成立之初就定下的发展定位，对中心而言，医疗是今天，科研是明天。中心收治的脑病疑难病症的增加，直接激发了团队医生的科研热情，更为他们提供了丰富的科研选题。
北京脑科中心专家正在承担国家自然科学基金资助项目4项，国家科技部科技重大专项“十二五”实施计划项目2项，国家863、973、省市级各类科研项目、国家临床重点专科科研项目等30余项。已主编和参编专业论著4部，内容涉及脑病基础研究、解剖、临床、教学培训等领域。在国际著名的神经内外科杂志发表专业论文(SCI)近20篇，在国家级核心刊物上发表专业论文100余篇。
中心积极开展学术交流活动，并将学术交流纳入制度化管理轨道，为中心医疗水平始终处于国际先进水平奠定了坚实基础 。中心共接待来自美、英、法、德、日、澳、加、捷克等国家百名同行来访; 同时每年选派学术骨干赴国外参加高水平学术交流活动也达百余人次。此外，每年都选派年轻骨干医生赴美国进行为期两年的专科进修学习，形成了完备的人才梯队培养和雄厚的人才储备，使脑科中心的医疗和学术水平在同行中始终保持领先。
每年一届的脑科中心国际脑病科学论坛更是医院学术交流的一大特色。截至目前，脑科中心共成功举办过大型国际学术活动3届，邀请了来自美国、加拿大、法国、英国等国家的近百位专家教授与会并作专题学术讲座。
环境与服务
中心下属分站环境优美，绿树成荫，交通便捷。院内有病人活动大院、大型停车场等配套设施，病房设施齐全，温馨舒适，服务实施24小时陪护机制，是难治脑病患者治疗康复的理想场所。
